相続した不動産の売却にかかる税金は？譲渡所得税の計算・特例・確定申告まで解説

相続した不動産を売却すると、譲渡所得税・印紙税・登録免許税といった税金がかかります。このうち中心となるのは売却益（譲渡所得）に対して課される譲渡所得税で、相続時に納める相続税とは別に発生します。ただし、相続税を納めている場合の「取得費加算の特例」など、税負担を抑えられる制度も用意されています。

本記事では、税金の種類と計算方法、使える特例、確定申告の流れを、投資用不動産を相続したケースの視点で整理します。

相続した不動産の売却にかかる税金は主に3つ

相続した不動産を売却したときにかかる税金は、大きく譲渡所得税・印紙税・登録免許税の3つです。このうち中心となるのは、売却益に対して課される譲渡所得税です。なお、相続時に納めた相続税は、これらの売却時の税金とは別のものです。

ただし相続税を納めている場合は、後述する「取得費加算の特例」によって、納めた相続税の一部を譲渡所得税の計算に反映できる仕組みがあります。

ここでは、それぞれの税金の中身を順に見ていきます。

譲渡所得税｜売却益（譲渡所得）に対してかかる税金

譲渡所得税とは、不動産を売却して得た売却益（譲渡所得）に対してかかる税金の総称で、所得税・住民税・復興特別所得税で構成されます。譲渡所得（売却して得た利益）がプラスになった場合にのみ課税されます。ただし、この利益は減価償却後の取得費をもとに計算するため、売却価格が購入価格を下回っていても譲渡所得が生じる場合があります。

相続した不動産の場合も考え方は同じで、相続時に納めた相続税とは別に、売却して利益が出た年に譲渡所得税がかかります。

印紙税｜売買契約書に契約金額に応じて課される

印紙税は、不動産の売買契約書に貼付する収入印紙にかかる税金で、契約書に記載された契約金額に応じて金額が決まります。不動産の譲渡契約書には軽減措置が設けられており、主な金額帯は次のとおりです。

この軽減措置は2027年（令和9年）3月31日まで適用されます（適用期間は今後変動する場合があります）。なお、電子契約で締結した場合は印紙税の課税対象外となります。

国税庁 No.7140 印紙税額の一覧表

登録免許税｜相続登記（固定資産税評価額×0.4%）などにかかる

登録免許税は、不動産の登記手続きにかかる税金です。相続した不動産を売却する際は、まず被相続人から相続人へ名義を変える相続登記が必要で、その登録免許税は「固定資産税評価額×0.4%」で計算します。

また、被相続人が住宅ローンなどを利用していた場合は、抵当権抹消登記の登録免許税もかかります。金額は不動産1個につき1,000円で、投資用の区分マンションは土地・建物にそれぞれ課されるため、合計2,000円になるのが一般的です。売買にともなう所有権移転登記の登録免許税は、原則として買主が負担します。

なお、相続登記は2024年4月から義務化され、不動産の取得を知った日などから3年以内に申請する必要があります。

法務省 相続登記の申請が義務化されました

相続した不動産の譲渡所得税の計算方法

譲渡所得税は、譲渡所得（売却益）に税率をかけて計算します。相続した不動産では、取得費や所有期間の扱いに相続特有のルールがあるため、計算式・取得費・税率の順に押さえておくことが大切です。ここでは、売却価格2,000万円の不動産を相続して売却した場合の例も交えて解説します。

譲渡所得の計算式｜売却価格−（取得費＋譲渡費用）−特別控除

譲渡所得は、次の式で計算します。

取得費は、その不動産を取得するためにかかった費用（購入代金や購入時の諸費用など。建物は減価償却後の金額）です。譲渡費用は、売却のためにかかった費用（仲介手数料や印紙税など）を指します。特別控除は、一定の要件を満たす場合に譲渡所得から差し引ける金額です。

たとえば、売却価格2,000万円・取得費1,400万円・譲渡費用100万円の場合、譲渡所得は500万円（2,000万円−（1,400万円＋100万円））となり、この500万円に税率をかけて税額を求めます。

国税庁 No.1440 譲渡所得（土地や建物を譲渡したとき）

取得費｜被相続人の取得費を引き継ぐ・不明なら概算取得費5%

相続した不動産では、相続人自身が購入したわけではないため、被相続人（亡くなった方）が支払った取得費をそのまま引き継ぐのが原則です。購入時の売買契約書や領収書などが残っていれば、その金額を取得費として使えます。

取得費がわからない場合は、売却価格の5%を取得費とみなす「概算取得費」を使えます。ただし、概算取得費は実際の取得費より大幅に低くなりやすく、その分だけ譲渡所得が大きくなって税負担が増える可能性があります。まずは購入時の契約書などを探すことが大切です。見当たらない場合は、購入時の不動産会社やローンを利用した銀行に問い合わせ、通帳履歴等を遡る方法もあります。

国税庁 No.3258 取得費が分からないとき

税率｜所有期間で短期39.63%・長期20.315%（被相続人の取得日を引き継ぐ）

譲渡所得税の税率は、不動産の所有期間によって変わります。売却した年の1月1日時点で所有期間が5年以下の場合は短期譲渡所得となり税率は39.63%、5年を超える場合は長期譲渡所得となり税率は20.315%です。

相続した不動産で重要なのは、所有期間を相続したときからではなく、被相続人がその不動産を取得した日から引き継いで判定する点です。そのため、相続直後に売却しても、被相続人の所有期間が長ければ長期譲渡所得として扱われるケースがあります。

国税庁 No.3211 短期譲渡所得の税額の計算／国税庁 No.3208 長期譲渡所得の税額の計算

相続した不動産の売却で使える税金の特例・控除

相続した不動産の売却では、税負担を抑えられる特例・控除が用意されています。ただし、いずれも要件や期限を満たさないと使えないため、「必ず使える」ものではなく「要件を満たせば適用できるケースがある」と考えておくことが大切です。

ここでは、投資用不動産を相続したケースで中心になる「取得費加算の特例」を取り上げます。

取得費加算の特例｜相続税の一部を取得費に加算できる

取得費加算の特例とは、相続税を納めている場合に、その相続税額の一部を取得費に加算できる制度です。取得費が増えることで譲渡所得が小さくなり、譲渡所得税の負担を抑えられます。

この特例を使えるのは、相続税の申告期限の翌日以後3年以内、つまり相続開始から3年10か月以内に売却した場合です。また、特例の適用を受けるには確定申告が必要です。期限を過ぎると使えなくなるため、売却のタイミングには注意しましょう。

国税庁 No.3267 相続財産を譲渡した場合の取得費の特例

相続した投資用不動産（賃貸中）を売却する際に知っておくべきこと

相続した物件が賃貸中の投資用ワンルームマンション等の場合、マイホーム（自分で住む物件）を売る場合とは、価格の決まり方も使える特例も異なります。ここでは、投資用不動産ならではの視点で押さえておきたいポイントを整理します。

投資用マンションの売却にかかる税金全般について詳しく知りたい方は、「投資用マンションの売却にかかる税金はいくら？2026年の最新ルールと節税・確定申告のポイントを解説」もあわせてご覧ください。

賃貸中（オーナーチェンジ）でも売却できる｜価格は収益還元法が基準

賃貸中の投資用物件は、入居者がいるままオーナーチェンジ物件として売却できます。この場合の価格は、室内の見栄えや周辺の販売相場ではなく、現行の賃料をもとにした収益還元法が基準になりやすい点が特徴です。収益還元法では、純収益（家賃収入−諸経費）を還元利回りで割って価格の目安を求めます。

また、買主の多くが融資を利用して購入するため、銀行の物件評価が価格の上限になりやすい傾向があります。マイホームとは価格の考え方が異なることを理解しておくとよいでしょう。

空き家の3,000万円特別控除は投資用・賃貸用には使えない

「空き家（被相続人の居住用財産）を売ったときの3,000万円特別控除」は、被相続人が住んでいた居住用家屋（戸建て等）を相続した人が一定の要件を満たして売却した場合に、譲渡所得から最大3,000万円を控除できる制度です。

ただし、この特例は被相続人の居住用であったことが要件のため、相続後に賃貸・事業用として使っている物件や、もともと投資用だった物件には適用できません。とくに、区分所有建物として登記された投資用ワンルームマンションは制度上の対象外です。使える特例を取り違えないよう注意しましょう。

購入金額より低い売却価格でも税金は出るケースがある

投資用不動産は、保有期間中に建物部分を減価償却するため、その分だけ帳簿上の簿価（取得費）が下がっていきます。その結果、売却価格が購入時より下がっていても、譲渡所得が出て課税されるケースがあります。

売却の損得を考えるときは、売却価格だけでなく、ローンの繰上返済手数料やローン残債、さらには保有期間中に得た家賃収入や節税効果まで含めたトータルで見ることが大切です。

相続した不動産を売却して確定申告するまでの流れ

相続した不動産を売却して確定申告するまでには、いくつかの手順があります。ここでは、相続開始から売却・申告までの一般的な流れを時系列で整理します。

①遺産分割協議・相続登記を済ませる

不動産は被相続人名義のままでは売却できないため、まず名義を相続人に変える必要があります。遺言書があるかどうかを確認し、必要に応じて相続人全員で遺産分割協議を行ったうえで、相続登記（名義変更）を済ませます。

売却してお金で分けることを前提とする場合は、不動産を売却して代金を分ける「換価分割」が選ばれやすい方法です。なお、共有名義にすると売却時に共有者全員の同意が必要になり、手間がかかりやすい点にも留意しておきましょう。

②不動産を査定・売却する

相続登記が済んだら、まず査定を受けて想定売却価格を把握し、売り方を決めて売却へ進みます。売却方法には、不動産会社が買主を探す「仲介」と、不動産会社が直接買い取る「買取」があります。どちらが有利かは一概には言えないため、手数料や売却期間も含めた実質的な手取りで比較することが大切です。早期に現金化したい場合は、買取も選択肢になります。

なお、被相続人が貸していた投資用ワンルーム等を「貸付事業用宅地等」として小規模宅地等の特例を適用する場合は、相続開始から相続税の申告期限（10か月）まで、その物件の保有と賃貸を継続することが要件です。言い換えると、申告期限前に売却するとこの特例は使えなくなるため、売却のタイミングに直接影響します。判断は個別性が高いため、税理士など専門家に確認することをおすすめします。

相続したマンションの売却にかかる税金について詳しく知りたい方は、「相続したマンションの売却でかかる税金は？計算方法・特例・確定申告まで解説」もあわせてご覧ください。

③売却した翌年2月16日〜3月15日に確定申告する

不動産を売却した場合は、原則として売却した翌年の2月16日〜3月15日に確定申告を行います（申告期限が土日祝日に当たる年は、翌平日にずれる場合があります）。申告の際は、売買契約書、取得費や譲渡費用がわかる領収書、取得費加算の特例を使う場合は相続税申告書の写し、各特例の添付書類などが必要です。事前に書類をそろえておくとスムーズです。

特例で税額が0円でも確定申告は必要

取得費加算の特例などを使って税額が0円になる場合でも、その特例の適用を受けるには確定申告が要件となるため、申告は必要です。申告を忘れると特例が使えず、加算税や延滞税の対象になることもあるため、税額が出ないケースでも必ず期限内に申告しましょう。

国税庁 確定申告書等作成コーナー

相続した不動産の想定売却価格を知る第一歩はWEB査定から

税額や最終的な手取りを把握するには、まず「今いくらで売れるのか」という想定売却価格を知ることが出発点になります。

相続した不動産の売却にかかる税金に関するよくある質問

相続した不動産の売却に関する、よくある質問をまとめました。

まとめ

相続した不動産の売却では、譲渡所得税・印紙税・登録免許税がかかり、相続税を納めている場合は取得費加算の特例で負担を抑えられるケースがあります。ただし、この特例には相続開始から3年10か月以内という期限があり、税額が0円になる場合でも確定申告が必要です。

また、空き家の3,000万円特別控除は投資用のワンルーム等には使えず、賃貸中の投資用物件は価格の考え方も使える特例も異なります。まずは想定売却価格の把握から始めましょう。

【免責表記】本コラムは情報提供を目的としたものであり、特定の不動産の売買・投資を推奨するものではありません。税制・法令・市況は2026年7月時点の情報に基づいており、今後変動・改正される可能性があります。実際のお取引・税務申告にあたっては、専門家にご相談ください。